Abstract

High speed computer, large scale storage device and high speed computer network are computing infrastructure which we can easily access to in these days. However, many computer simulations in natural or applied science such as molecular simulation require more computing power as well as larger scale of storage. Grid computing which is a next generation of distributed computing environment, is one of solution for the new requirements. Even though many researches have been going on Grid computing, those are oriented to communication interface and protocols, and middleware like globus tool kits[2, 3]. Therefore research on application level platform or application itself is yet premature and it makes real users be difficult to utilize Grid system for their research. In this paper, we suggest a new user environment and an abstract job model for simulation experiments on MGrid(Molecular Simulation Grid). It will make users be able to utilize Grid resources efficiently and reliably.

고속의 컴퓨터, 대용량 저장장치, 초고속 네트워크는 현재 우리가 쉽게 접근할 수 있는 컴퓨팅 인프라이다. 하지만 분자 시뮬레이션과 같은 자연과학 및 응용과학 분야에의 시뮬레이션에서는 여전히 더 많은 컴퓨팅 파워, 더 커다란 저장장치를 필요로 한다. 이러한 요구는 그리드 컴퓨팅(1)이라는 차세대 분산 컴퓨팅 환경을 우리에게 제시하였다. 하지만 현재까지 제안된 그리드 컴퓨팅 기술은 통신 인터페이스와 프로토콜 등의 글로버스 툴킷(2, 3)과 같은 미들웨어 수준에 대한 연구만이 중심이 되고 있다. 이러한 환경은 응용 플랫폼에 대한 연구의 부족과 어플리케이션의 부족을 가져왔으며, 그 결과 사용자는 그리드 컴퓨팅 기술에 대한 이용을 미비하게 만들었다. 따라서 본 연구에서는 분자 시뮬레이션 그리드 (MGrid: Molecular Simulation Grid System) 에서 적용을 목적으로 고효율(High Throughput)의 시뮬레이션 실험을 위한 사용자 환경(User Environment)을 정의하고, 사용자에게 친근한 추상화된 작업 모델을 제안함으로써 보다 효율적이고 안정적인 그리드 자원 이용을 가능하게 한다.(4, 5)

Keywords

• Workflow;
• Computational Grid;
• Job Model;
• Molecular Simulation