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Genetic Composition of Korean Native Chicken Populations - National Scale Molecular Genetic Evaluation Based on Microsatellite Markers

초위성체 표지로 본 한국 재래닭 집단의 분자유전학적 구성

  • 이풍연 (농촌진흥청 국립축산과학원) ;
  • 연성흠 (농촌진흥청 국립축산과학원) ;
  • 김재환 (농촌진흥청 국립축산과학원) ;
  • 고응규 (농촌진흥청 국립축산과학원) ;
  • 손준규 (농촌진흥청 국립축산과학원) ;
  • 이희훈 (한국긴꼬리닭농장) ;
  • 조창연 (농촌진흥청 국립축산과학원)
  • Received : 2010.11.08
  • Accepted : 2011.06.01
  • Published : 2011.06.30

Abstract

The study was conducted to select and optimize microsatellite (MS) markers for evaluate Korean Native Chicken (KNC) breeds in order to provide standard for the classification and breed definition of the indigenous breeds. The study also aimed to characterize and classify each KNC populations for inventory and management of avian genetic resources. A total of 462 chickens from 11 populations of chicken breeds including eight KNC breeds and three commercial chicken breeds were analyzed with 19 MS markers. KNC breeds, especially Long-Tail Chicken breeds, formed separate cluster from those commercial chicken breeds. Genetic distances between KNC populations (0.11~0.18) were relatively shorter. Genetic uniformity of KNC (except KNCR breed) (0.86~0.88) were higher than that of commercial breeds (except Cornish) (0.95~0.97). On the other hand, genetic uniformity of KNC Long Tail (KNCLT) were relatively higher (0.91~0.97). The result can be used to evaluate and manage animal genetic resources at national scale.

초위성체(MS) 표지를 이용하여 한국 재래닭 집단의 각각의 분자유전학적 특성을 조사하고, 그 평가를 통해 한국 재래닭에 대한 품종 및 계통 분류의 기초를 마련하고자 본 연구를 수행하였다. 또한, 한국 재래닭 집단 내 및 집단간 유전적 변이성을 확인하고, 그 분류 및 특성 평가를 위한 MS 분석 체계를 마련하여 국내 가축유전자원의 관리에 활용코자 하였다. 국내 관리 기관 및 농가 보유 11개 계통의 한국 재래닭 및 상용계 462 수를 대상으로 19개 MS 표지로 분석한 결과, 한국 재래닭 집단은 상용계부터 분자유전학적으로 별개의 집단으로 구분되며, 특히 한국 재래닭 중 긴꼬리닭 계통은 상용계와 국내 토종닭 어느 집단과도 확연히 분리되는 것을 확인하였다. 한국 재래닭 집단 간의 유전거리는 0.11~0.18로 비교적 낮게 나타났으나, 유전적 균일도는 R 계통을 제외하고 0.86~0.88로 코니쉬 계통을 제외한 상용계의 0.95~0.97보다 비교적 낮았다. 다만, 긴꼬리닭 집단의 유전적 균일도는 0.91~0.97로 높게 나타났다. 본 연구를 통하여 한국 재래닭 집단 간의 유전적 차이 및 동질성, 그리고 집단내의 유전적 균일성을 확인하고, 긴꼬리닭 계통의 위치를 확인하였다. 이러한 결과는 국내 유전자원의 고유성을 인정할 수 있는 과학적인 근거로서, 국가 수준의 가축유전자원 평가, 관리의 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

Keywords

References

  1. Falush D, Stephens M, Pritchard JK 2003 Inference of population structure using multilocus genotype data: Linked loci and correlated allele frequencies. Genetics 164:1567-1587.
  2. Felsenstein J 1993 PHYLIP (Phylogeny inference package) Version 3.5c.
  3. Han S-H, Shin K-Y, Lee S-S, Ko M-S, Jeong D-K, Jeon J-T, Cho I-C 2008 Effects of ADCYP1R1, FABP3, FABP4, MC4R, MYL2 genotypes on growth traits in F2 population between Landrace and Jeju Native Black Pig. J Anim Sci Tech 52: 621-632.
  4. Kim S-W, Li X, Lee Y-M, Kim J-J, Kim T-H, Choi B-H, Kim K-S 2010 Development of SNP markers for domestic pork traceability. J Anim Sci Tech 52:91-96. https://doi.org/10.5187/JAST.2010.52.2.091
  5. Miller SA, Dykes DD, Polesky HF 1988 A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res 16: 1215.
  6. Nei M 1973 Analysis of gene diversity in subdivided populations. Proc Natl Acad Sci USA 70:3321-3323. https://doi.org/10.1073/pnas.70.12.3321
  7. Ota T 1993 DISPAN: Genetic Distance and Phylogenetic Analysis. Pennsylvania State University
  8. Park SDE 2001 Trypanotolerance in West African cattle and the population genetic effects of selection. Ph. D. Thesis, University of Dublin.
  9. Pritchard JK, Stephens M, Donnelly P 2000 Inference of population structure using multilocus genotype data. Genetics 155: 945-959.
  10. Saitou N, Nei M 1987 The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol 4: 406-425.
  11. Vignal A, Milan D, SanCristobal M, Eggen A 2002 A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics. Genet Sel Evol 34: 275-305. https://doi.org/10.1186/1297-9686-34-3-275
  12. Yoon DH, Kong HS, Oh JD, Lee JH, Cho BW, Kim JD, Jeon KJ, Jo CY, Jeon GJ, Lee HK 2005 Establishment of an individual identification system based on microsatellite polymorphisms in Korean cattle (Hanwoo). Asian-Aust J Anim Sci 18:762-766. https://doi.org/10.5713/ajas.2005.762
  13. 박찬호 오재돈 김인영 박경도 전광주 이학교 공홍식 2010 토 종닭 순계와 실용계의 유전적 특성 및 품종식별력 분석. 생명과학회지 20:1086-1092.

Cited by

  1. DNA Markers for the Genetic Diversity in Korean Native Chicken Breeds: A Review vol.43, pp.2, 2016, https://doi.org/10.5536/KJPS.2016.43.2.63
  2. Construction of Genetic Linkage Map using Microsatellite and SNP Markers in Korean Native Chicken vol.42, pp.1, 2015, https://doi.org/10.5536/KJPS.2014.42.1.77
  3. Genome-wide Copy Number Variation in a Korean Native Chicken Breed vol.41, pp.4, 2014, https://doi.org/10.5536/KJPS.2014.41.4.305
  4. Genetic Diversity and Relationship of Ogye Population in Korea Using 25 Microsatellite Markers vol.45, pp.3, 2018, https://doi.org/10.5536/KJPS.2018.45.3.229